北海道根室市内に、シマフクロウの保護区(13.0ha)を初めて設置しました。また、北海道東部のIBA基準生息地「風蓮湖・温根沼」(根室市内203.7ha)「厚岸湖・別寒辺牛湿原」(標茶町内216.3ha)にタンチョウの保護区を設置しました。当会の野鳥保護区は15ヶ所、1,527haとなり、民間自然保護団体が保有する保護区としては国内最大級です。

当会ホームページ内にIBAのページを新設し、国内のIBA基準生息地リストを公開するともにIBA基準生息地の保護の重要性を広報しました。また、IBA基準生息地が直面している開発等の危機状況や法令による保護指定状況、ボランティア活動の状況などの調査を進めました。
IBA基準生息地の 北海道勇払原野、青森県仏沼、東京都三宅島、東京湾多摩川河口、長崎県諫早湾、沖縄県泡瀬干潟、沖縄やんばるで保全のための調査や働きかけを行いました。 このうち勇払原野では、準絶滅危惧種のオオジシギ366羽に標識を装着し、3年連続してオオジシギの推定個体数の1%以上が利用していることを確認しまし た。
IBA基準生息地の保全を進めるため、全国のIBA基準生息地に立地するサンクチュアリ類似施設にアンケートを行い、自然保護活動や施設運営の状況を調査しました。
また、東日本を中心に47施設を訪問し、聞き取り調査を実施しました。
ナベヅル、マナヅルの越冬地分散のため、バードソン'93募金を財源に佐賀県伊万里市でねぐら整備作業やデコイの設置を行い、マナヅル14羽が越冬しました。
沖縄でクロツラヘラサギを捕獲して3羽に衛星追跡用の発信器を装着し、沖縄から朝鮮半島に至る渡りルートを解明する調査を環境省からの受託事業で行いました。また、国内外のクロツラヘラサギの越冬地状況を調査し情報整理を行いました。
「鳥の生息地モニタリング調査」の3周期目、第3回の森林・草原の調査は、ボランティア調査員198名の協力を得て繁殖期に90地点で実施。
環境省受託の「モニタリングサイト1000」調査では、ボランティア調査員186名の協力を得て、越冬期に70地点で実施。全国11ヶ所のサンクチュアリでは、水鳥類の飛来調査を342回、定期センサス調査を29コース実施しました。
バードウィーク全国一斉野鳥販売実態調査で、ボランティア調査員約120人の協力を得て、全国572軒の販売店を調べました。また、前年度までの販売調査結果を基に、日本チェーンストア協会、日本DIY協会、日本小売業協会、日本百貨店協会、全国ペット小売り業協会へそれぞれ野鳥や猟具の販売自粛を要望しました。
110名の参加の下、千葉県で「カラスフォーラム2004」を当会東京支部と共同で開催しました。また前年度に開催した「カラスフォーラム2003」の結果を野鳥保護資料集として発行しました。
魚の放流方法を変えることによってカワウによる被害が軽減される効果の調査を、栃木県で水産庁の委託により行いました。また、カワウの営巣地の生息状況の調査や保護管理方法の検討を国土交通省の受託により行いました。
ＷＷＦジャパンや日本自然保護協会などと共同で、同法で輸入や飼育が規制されるべき特定外来生物の候補種リストを環境省に提出し、働きかけを行いました。
当会初台事務所に併設しているバードプラザで、バードウォッチング入門講座などのイベントを33回実施し、延べ478人の参加がありました。バードプラザへの来訪者数は6,829人でした。
2004年度は新たに愛知県豊田市の「豊田市自然観察の森」の事業を受託して、当会レンジャーを配置しているサンクチュアリは全国12ヶ所になりました。サンクチュアリの利用者は年間約32万人。
探鳥会、自然観察会などは1,384回開催し、参加者は延べ20,457人でした。また、学校団体などの利用は578件で、34,246人の子供に自然解説を行いました。
（「三宅島自然ふれあいセンター　アカコッコ館」は噴火により閉館中ですので、レンジャーは当会初台事務所を中心に活動しました）
東京港野鳥公園を会場に「東京バードフェスティバル」を初めて開催し、約4,000人の参加がありました。当会はこの行事の実行委員会メンバーです。
当会の出展ブースでは、『野鳥』誌5月号やパンフレット「鳥をみつけに」の配布、グッズ販売などを行い、来場者の約6割の利用がありました。
千葉県我孫子市の「ジャパンバードフェスティバル」、新宿御苑「みどりの日の集い」、「東京アウトドアズフェスティバル」、「エコプロダクツ2004」に ブースを出展しました。当会のブースへの来訪者は計4,593人でした。また、このうち住所氏名を教えていただけるほどの解説、対応ができた人数は642 人で、ブース来訪者の約14%でした。
バードウォッチングの入門ツールとして、健康とバードウォッチングを特集した『野鳥』誌5月号を約10,000冊、小冊子「鳥をみつけに」を約11,000冊配布しました。
また、ＮＨＫラジオ「季節の野鳥」等への出演50件、雑誌等への原稿執筆やその他取材18件、講師派遣147件、出版物などの企画監修21件、原稿執筆367件を行いました。
ハンディ図鑑『新・山野の鳥』、『新・水辺の鳥』を35,000部増刷刊行し、26,000部を販売。また、入門者向けスターターセットは191セットを販売しました。
カタログ配布などによりお客様登録は1,842件増加しました。
小学校のカリキュラム作成用プログラム集として、タンチョウを題材にした「タンチョウティーチャーズガイド」を出版しました。
また、このティーチャーズガイドの指導者向けの研修会を4回実施し、参加者は60人でした。この他、レンジャー養成講座は4回実施して受講者は合計75人、ボランティア講座をサンクチュアリで26回実施し、参加者は延べ525人でした。サンクチュアリのボランティア活動は、延べ80,575人でした。
探鳥会発祥の地である静岡県須走にて記念探鳥会を実施しました。また、多くのかたがたから約1,000万円のご寄付をいただき、同地に記念石碑を建立しました。