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| IBA-Code | サイト名 | 選定基準 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 135 | 曽根干潟 | A1,A4i | |
| 136 | 沖ノ島、小屋島 | A1,A2,A4ii | |
| 137 | 烏帽子島 | A1,A4ii | |
| 138 | 机島 | A1 | |
| 139 | 博多湾 | A1,A4i | |
| 140 | 有明海奥部 | A1,A4i | |
| 141 | 諌早湾 | A4i,A4iii | |
| 142 | 対馬 | A1,A2,A4iv | |
| 143 | 男女群島 | A1,A2,A4ii,A4iii | |
| 144 | 白川河口 | A1,A4i | |
| 145 | 氷川河口、不知火 | A1,A4i | |
| 146 | 球磨川河口 | A1,A4i | |
| 147 | 中津海岸、宇佐海岸 | A1,A4i | |
| 148 | 枇椰島 | A1,A4ii | |
| 149 | 綾川渓谷 | A1 | |
| 150 | 霧島山系、御池 | A1,A3 | |
| 151 | 出水、高尾野 | A1,A4i | |
| 152 | 沖小島 | A1 | |
| 153 | 万之瀬川河口 | A1,A4i | |
| 154 | 甑島列島 | A1,A2 | |
| 155 | 屋久島、種子島 | A2 | |
| 156 | 草垣群島 | A4ii,A4iii | |
| 157 | トカラ列島 | A1,A2 | |
| 158 | 奄美諸島 | A1,A2 |