知床地域では自然木の樹洞に営巣し、川に天然遡上する魚などを食べて暮らしています。しかし他の地域は大木や餌が少ないため、多くのシマフクロウは巣箱や給餌用生け簀などに頼って生きています。2009年時点で、国や民間などにより巣箱が約２百ヶ所、給餌用生け簀は11ヶ所に設置されています。それでも年に十羽ほどのヒナしか巣立ちませんので、餌不足でヒナを育てられないつがいが多くいると考えられます。 またつがい数も、４～５年で１つがいが増える程度ですので、巣立ちしても餌不足で死んだり、無事に成鳥になっても、２羽で暮らせるほどの餌がある場所は少ないためつがいになれない個体も多いようです。
人間の生活圏に近い場所では、交通事故や電線での感電事故に遭って死ぬものがあります。釣り人や心無い撮影者などにより、採食や繁殖が妨害されている生息地もあります。 生息地が分断･孤立化していることで、繁殖地から巣立った若い個体がうまく分散することができず、近親交配が起こりやすい状態にあることも懸念されています。
日本野鳥の会では、野鳥の生息地の保全を目的として、1987年から「野鳥保護区」を拡大しています。これまでに北海道東部のタンチョウが営巣する湿原や青森県のオオセッカ生息地、沖縄県のノグチゲラ生息地など33ヶ所2,939ha（2011年5月末現在）を保護区にしました。これらの保護区は、個人や企業からのご寄付を財源に土地を買い取り、その管理運営は寄付金や会費で行っています。 シマフクロウを守るための保護区は2004年から開設を始め、現在８ヶ所。総面積は337haで東京ドーム67個分の広さになります。これらの保護区で７つがいのシマフクロウが生息しています。各保護区の詳細は以下からご覧ください。
シマフクロウをより身近に感じて頂くため、様々なグッズを製作して普及活動に取り組んでいます。これらのグッズによる収益は、シマフクロウをはじめとした野鳥や自然環境保護の活動財源に充てさせていただきます。 また、野鳥保護区設置のためのご寄付や、植樹へのご協賛も募集しております。詳細は以下からご覧ください。
