オオミズナギドリの生息数は、最盛期には約十万羽（京都府；京都の野鳥 1979）。また、非常に多くの鳥類が記録されており、渡り鳥の中継地として重要な地域である（冠島動植物調査報告書,
S58）。
| 留鳥 |
ヒメクロウミツバメ、ゴイサギ、コサギ、クロサギ、ミサゴ、トビ、オオタカ、ツミ、ハイタカ、ハヤブサ、イソシギ、ウミネコ、カンムリウミスズメ、カラスバト、アオバト、カワセミ、アオゲラ、キセキレイ、ヒヨドリ、モズ、イソヒヨドリ、ウグイス、ヒガラ、ヤマガラ、シジュウカラ、メジロ、ホオジロ、カワラヒワ、イカル、スズメ、ムクドリ、カケス、ハシブトガラス |
| 夏鳥 |
オオミズナギドリ、サシバ、ジュウイチ、カッコウ、ツツドリ、ホトトギス、アオバズク、ヨタカ、アカショウビン、ツバメ、イワツバメ、サンショウクイ、クロツグミ、ヤブサメ、オオヨシキリ、センダイムシクイ、キビタキ、オオルリ、コサメビタキ |
| 冬鳥 |
ウミウ、ヤマシギ、ハクセキレイ、ビンズイ、ルリビタキ、ジョウビタキ、シロハラ、ツグミ、キクイタダキ、カシラダカ、ミヤマホオジロ、アオジ、クロジ、アトリ |
| 旅鳥 |
ハチクマ、キョウジョシギ、キアシシギ、アカエリヒレアシシギ、アジサシ、ハリオアマツバメ、アカモズ、コマドリ、ノゴマ、アカハラ、マミチャジナイ、エゾセンニュウ、シマセンニュウ、マキノセンニュウ、コヨシキリ、メボソムシクイ、エゾムシクイ、マミジロキビタキ、エゾビタキ、シロハラホオジロ、ノジコ |
京都府：冠島・沓島
